Spatial_transcriptomics_tools
p-gueguen/Spatial_transcriptomics_tools
This repository provides a comprehensive collection of tools, pipelines, and resources for spatial transcriptomics data analysis.
198 36No licenseUpdated 2026-07-16
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GoodOverview
Spatial_transcriptomics_tools curates a vast array of bioinformatics software, Nextflow pipelines, and computational frameworks covering every step of spatial omics data processing. It includes specialized resources for probe and panel design, quality control, normalization, cell segmentation, and advanced spatial downstream analyses.
Capabilities
- ▸Nextflow pipeline execution for spatial omics
- ▸Probe and panel design reference mapping
- ▸Quality control and artifact detection
- ▸Spatial normalization and gene imputation
Best for
Designing custom gene panels and probe sequences for spatial transcriptomics experiments, Executing end-to-end bioinformatics pipelines using Nextflow for platforms like Xenium and Visium, Performing quality control, cell segmentation, and normalization on spatial omics datasets
Works with
Claude CodeGitHub CopilotCursor
Evoa Score breakdown= Σ (score × weight)
61Task usefulness20%77 → +15.4
実タスクにどれだけ役立つか（機能の豊富さ・用途の明確さ）。 — AIによるcapabilities/use-cases解析
Code quality15%75 → +11.3
実装・指示の品質。 — AIによるSKILL.md/README解析
Maintenance15%100 → +15.0
リポジトリがどれだけ活発に保守されているか。 — GitHub 最終push日時の新しさ
Documentation12%32 → +3.8
ドキュメントの充実度・分かりやすさ。 — README/独自要約の情報量
Security15%80 → +12.0
危険・不審な挙動が無いか。 — AIによるセキュリティレビュー
Originality10%60 → +6.0
ありふれたラッパーではない独自性。 — AIによる独自性判定
Popularity8%61 → +4.9
コミュニティの採用度。 — GitHub Stars/Forks（対数スケール）
Compatibility5%75 → +3.8
対応AIエージェントの広さ。 — AIによる対応エージェント判定
Weighted total72.1 / 100
ライセンス不明/制限あり（Red）のSkillは総合スコアに0.85倍の補正を適用します。 ランキングはこのScoreのみで決まり、広告で変わりません。 算出方法の詳細 →
Security considerations
Standard software execution risks apply when running third-party bioinformatics pipelines and containerized tools from the curated list.
Categories
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