pubchem-mcp-server
MCP ServerPhelanShao/pubchem-mcp-server
A Model Context Protocol server enabling AI models to query chemical compound properties and structures from the PubChem database.
7 6No licenseUpdated 2025-05-15
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FairOverview
The PubChem MCP Server is a Python-based integration that bridges AI assistants with the PubChem chemical database. It allows users to retrieve comprehensive molecular information, chemical formulas, structural identifiers like SMILES and InChI, and coordinate formats such as JSON, CSV, XYZ, and SDF directly through standardized tool calls.
Capabilities
- ▸Query compounds by name or PubChem CID
- ▸Retrieve IUPAC names, molecular formulas, weights, and SMILES
- ▸Export structures in JSON, CSV, XYZ, SDF, and MOL formats
- ▸In-memory and file-based caching for improved performance
- ▸Automatic API retry mechanisms and fallback 3D generation
Best for
Looking up chemical properties and identifiers for research, Generating and downloading 3D molecular structures in SDF or XYZ formats, Querying compound data by name or PubChem CID within an AI chat interface
Works with
Claude CodeCursorGitHub Copilot
Evoa Score breakdown= Σ (score × weight)
56Task usefulness20%88 → +17.6
実タスクにどれだけ役立つか（機能の豊富さ・用途の明確さ）。 — AIによるcapabilities/use-cases解析
Code quality15%85 → +12.8
実装・指示の品質。 — AIによるSKILL.md/README解析
Maintenance15%25 → +3.8
リポジトリがどれだけ活発に保守されているか。 — GitHub 最終push日時の新しさ
Documentation12%29 → +3.5
ドキュメントの充実度・分かりやすさ。 — README/独自要約の情報量
Security15%100 → +15.0
危険・不審な挙動が無いか。 — AIによるセキュリティレビュー
Originality10%70 → +7.0
ありふれたラッパーではない独自性。 — AIによる独自性判定
Popularity8%33 → +2.6
コミュニティの採用度。 — GitHub Stars/Forks（対数スケール）
Compatibility5%75 → +3.8
対応AIエージェントの広さ。 — AIによる対応エージェント判定
Weighted total66.0 / 100
ライセンス不明/制限あり（Red）のSkillは総合スコアに0.85倍の補正を適用します。 ランキングはこのScoreのみで決まり、広告で変わりません。 算出方法の詳細 →
Security considerations
Communicates with public PubChem APIs over the network. Ensure proper tool auto-approve policies are configured if handling sensitive workflows.
Categories
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